Las diarreas asociadas a C. cayetanensis han sido descritas tanto en los países en vías de desarrollo como en los desarrollados, lo que sugiere la distribución cosmopolita de este organismo. Sin embargo, en muchos de los casos descritos en los países desarrollados, existe el antecedente epidemiológico de estancias recientes en países en vías de desarrollo. Por otro lado, este parásito ha sido identificado tanto en individuos sanos como en pacientes sintomáticos inmunocompetentes e inmunodeprimidos.
Los estudios de prevalencia son limitados y muestran variaciones dependientes del área geográfica, del periodo de estudio y del tipo de población. Además, ponen de manifiesto la existencia de portadores asintomáticos y el hecho, anteriormente comentado, de que los casos aislados descritos en los países desarrollados se relacionan con estancias en países tropicales y subtropicales.
El reservorio de este organismo es el hombre, aunque la reciente descripción de organismos similares en otros primates y en aves de corral abre la posibilidad de que la ciclosporosis sea una zoonosis. Este organismo ha sido detectado en aguas residuales y cloradas, en vegetales y en las heces de pollos destinados al consumo humano.
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