El diagnóstico de laboratorio de la ciclosporiosis es directo, y se basa en la observación microscópica de los ooquistes inmaduros en preparaciones húmedas, o en tinciones diferenciales, realizadas a partir de heces frescas o conservadas.
Es aconsejable la concentración fecal, mediante centrifugación, Ritchie modificado, o flotación, sacarosa de Sheather, en muestras seriadas de heces, dada la baja o moderada, e incluso discontinua, excreción de ooquistes. En las preparaciones húmedas, los ooquistes de este organismo se observan como esférulas de 8-10 µm de diámetro, hialinas, no refráctiles, con una mórula formada por 6 a 9 glóbulos refráctiles verdosos.
Las tinciones diferenciales se utilizan para demostrar la característica ácido-alcohol resistencia de los ooquistes de este organismo. Mediante la tinción de Ziehl-Neelsen modificada, los ooquistes se observan como estructuras esféricas de 8 a 10µm, unas veces incoloras, otras de color rosado o rojo intenso de aspecto moteado, mientras que con fluorocromos (vg. auramina-rojo de tiazina) aparecen como esférulas de pared fluorescente, en grado variable.
La observación en preparaciones húmedas de los típicos ooquistes, con la mórula interna, permite efectuar el diagnóstico de certeza de la parasitación. Sin embargo, su detección mediante tinciones diferenciales plantea problemas de diferenciación con las especies de Cryptosporidium parásitas del hombre, C. parvum y C. muris, especialmente esta última. La diferenciación se realiza atendiendo a las características morfométricas y a la autofluorescencia parietal de los ooquistes de C. cayetanensis, azul con filtro de 365 nm o verde con filtro de 450 a 490 nm.
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