El parásito Criptosporidium prevalece en todo el mundo. Los viajeros que vayan a países en desarrollo y que visiten áreas rurales, realicen excursiones a pie o expediciones al campo, o que frecuentemente coman o beban en áreas donde la higiene es mala son los que tienen el mayor riesgo de contraer la enfermedad. Se han dado también brotes de criptosporidiosis en Estados Unidos cuando se han contaminado los suministros de agua o las piscinas.
En Chile se ha diagnosticado a C. Parvum entre 3,1 a 19,3% de los niños hospitalizados con diarrea aguda, estudios en adultos dan prevalencias inferiores a 3%.
Según diversos estudios, la incidencia de esta infección no es uniforme en el año, presentando cierto predominio estacional.
En los pacientes inmunocomprometidos la criptosporidiosis causa diarrea crónica severa, con franca mayor relevancia en el síndrome de inmunodeficiencia adquirida (SIDA).
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