Las especies pertenecientes a este género pueden afectar a distintos animales y se diferencian de otros coccidios intestinales por la producción de ooquistes que, cuando son maduros, responden a la fórmula 1:2:2, es decir, cada ooquiste maduro contiene dos esporocistos, cada uno de ellos con dos esporozoítos. Por esta razón, cuando se comprobó que los CLB incubados en dicromato potásico a 25-37 ºC, durante 5 a 13 días, se transformaban en ooquistes de fórmula 1:2:2, y que su tamaño era diferente a losCyclospora descritos, estos organismos fueron incluidos en el género Cyclospora y denominados C. cayetanesis (tabla 1).
Estudios posteriores demostraron la presencia de dos formas: una inmadura, no esporulada y otra madura, esporulada. Ambas formas presentan una envoltura fibrilar de 63 nm de espesor, por debajo de la cual se localiza una pared de 50 nm de espesor. En el interior de la forma inmadura, se observan unos gránulos similares a los cuerpos tilacoides de Cyanobacterium, mientras que la forma madura contiene dos esporocistos (3,3-4,4 µm x 5,5-7,1 µm) con dos esporozoítos (1,06-1,34 µm x 8-10 µm), cada uno de ellos, con un área apical estructuralmente compleja, similar al conoide de los coccidios, con ropthrias y micronemas.Al igual que sucede con el género Cryptosporidium, los ooquistes de C. cayetanensis son ácido-alcohol resistentes pero, a diferencia de los primeros, éstos presentan una autofluorescencia periférica cuando son excitados con luz ultravioleta. La ácido-alcohol resistencia es una característica muy variable, ya que hay ooquistes que no se tiñen y tienen un aspecto vítreo, mientras que otros se pueden observar de color rojo oscuro o rosado, con aspecto moteado, fenómeno que ha sido atribuido a la extremada sensibilidad a la desecación de estos organismos y a la deshidratación intrínseca de los métodos de tinción.
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